Głównym celem pracy jest optymalizacja kryteriów oceny, na podstawie których podejmowane są decyzje o dofinansowaniu projektów z Regionalnego Programu Operacyjnego. Wybrano kryteria, które mają największy wpływ na powodzenie alokacji dotacji oraz bezpośrednio wpływają na pomyślne zakończenie rzeczowej realizacji projektu. Celem częściowym jest polemika, czy poprzez realizację programu są spełnione wskaźniki Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia, które są podstawowym dokumentem dla wdrażania programów operacyjnych w Republice Czeskiej.